台灣紅檜多半集中在中北部山區，例如阿里山、太平山、雪霸國家公園等處，都有台灣紅檜或台灣扁柏的紀錄。在南部山區，因日據時代未將此區列為砍伐重點，加上缺乏詳細調查資料，反使該區神木得以在深山裡長得既茂盛又健康。
屏東林管處轄區的出雲山、北大武、小關山等山區，海拔一千公尺以上常見檜木生長，以出雲山區最多。林管處人員指出，巨大紅檜多生長在深山，一般人不易見到。盜採林木的山老鼠過去最愛紅檜，近來改弦更張，以盜採七里香為主。
林務局潮州工作站主任鄭茗懷表示，南部山區一直有紅檜群，他在八十六年前往南橫向陽遊樂區調查，發現十五、六棵台灣紅檜，樹齡約一、兩千年。這些紅檜或受地形及緯度影響，長得沒有中北部山區紅檜高大。
屏東科技大學森林系楊勝任教授指出，南部山區高大的台灣紅檜，他所見約有一、二十棵，紅檜與扁柏都須生長在濃霧間，台灣海拔一千五百到一千八百公尺是雲霧區，此地區相對溼度高，適合紅檜生長。
分布數量以阿里山最多，有開採經濟價值，日本人將該區列為砍伐重點。南部山區少有人至，也缺乏調查資料，因此高大的紅檜得以保存至今。
鄭茗懷指出，南部山區紅檜分布在南橫的檜谷、屏東北大武山等地，南橫往台東一條日本古道也有。這些地方因交通不便，均屬人煙罕至區域，紅檜得以維持原貌。
山難救助協會屏東區搜救召集人葉志成說，台灣有紀錄的紅檜群很多根部都已出現裸露現象，都是人為踐踏導致，久了樹的這面就會乾燥，出現中空現象，影響整體供水效率，提醒民眾看到大樹時，不要趨前環抱。
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